RNAPhaSep：一个RNA相分离数据库

除了典型的膜结合细胞器外，真核细胞还含有大量无膜细胞器 (MLO)，它们集中特定的蛋白质和核酸集合。液-液相分离(LLPS)是一种描述从单一均匀混合物中形成两种不混溶流体的现象，已成为解释细胞如何在时空上产生MLO 的一般机制。迄今为止，已经发现了大量的MLO，包括但不限于应力颗粒、P 体甚至核仁。这些MLO涉及广泛的细胞功能，组织在从 RNA 代谢到信号传导到基因调控的过程中起作用的分子。此外，异常的MLO行为与多种人类疾病有关，例如神经退化和癌症。

识别驱动或经历LLPS的分子是理解 MLO 机制的基础。许多相分离的生物凝聚物来自蛋白质和RNA。许多核和细胞质凝聚物富含RNA和RNA结合蛋白 (RBP)，它们在LLPS中发挥作用。蛋白质在凝聚中的作用已得到充分研究 ( 17 )。然而，很少有人关注 RNA 对 LLPS 的贡献。作为一种阴离子聚合物，RNA是实现多价和调节RBP的绝佳平台。缩合物中的肽通常包含低复杂度结构域 (LCD) 或本质上无序区域 (IDR)，它们能够实现弱和多价相互作用以促进类似液体的特性，而RNA中非结构化序列的类似作用可能有助于 RNA 驱动的相分离。最近的研究结果证实，RNA可以作为“支架”发挥作用，并在MLO的播种或成核中发挥重要作用。实验证据表明，RNA 自组装有助于应激颗粒的形成并定义了应激颗粒转录组。此外，除了驱动LLPS，不同的RNA特性，如组成、长度、结构、修饰和表达水平，可以调节天然缩合物的生物物理特征，包括它们的大小、形状、粘度、流动性和表面张力。

现阶段五个专注于进行 LLPS 的蛋白质的数据库，包括 LLPSDB、PhaSePro、PhaSepDB、DrLLPS 和 RNAGranuleDB。在过去五年中，大量文章报道了RNA 参与 LLPS 的案例，然而上述数据库缺乏相关数据。为此福州医科大学团队开发了一个RNA 相关的相分离的数据库——RNAPhase，该数据库相关文章刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.971），题名为RNAPhaSep: a resource of RNAs undergoing phase separation。网址：http://www.rnaphasep.cn/。RNAPhaSep收录了1113个关于RNA自组装或RNA和蛋白质共同参与的相分离事件的精选条目，涉及22个生物体的325个非冗余 RNA。我们将条目与RNA或RNA加蛋白质名称合并以减少数据冗余，并将所有条目分配给628个唯一的ID。为每个 RNA收集和组织 RNA 特性，例如组成、物种、分类、序列、长度、结构、亚细胞定位、RNA 相互作用邻居、相关分子功能和疾病。

RNAPhaSep开发了一个用户友好且功能齐全的网站，用于搜索、浏览和下载RNA相关的相分离数据。该数据库包括八个模块，包括主页、搜索/爆炸、浏览、提交、下载、统计、帮助和联系模块。

为方便用户搜索数据，RNAPhaSep 在Search/Blast页面提供了两种不同的搜索方式，包括“By options”（按关键字、组分类型、物种和 RNA 类型的组合搜索）和“By RNA sequence” '（通过输入RNA序列进行搜索）。对于“按选项搜索”，提供了三个典型示例。通过点击示例按钮，选项信息被自动应用，然后通过点击“搜索”按钮，“搜索结果”以表格形式呈现。“按 RNA 序列搜索”模块使用户能够识别其目标 RNA 与数据库中存储的 LLPS 相关 RNA 之间的序列相似性。“搜索/爆炸”模块可以帮助用户快速筛选他们感兴趣的 RNA 在有或没有任何合作伙伴的可用条件下对 LLPS 的贡献。