tsRFun：人类肿瘤tsRNA相关数据库

tsRFun 评估了 32 种癌症的 tsRNA 表达模式和预后价值，并利用高通量 CLASH/CLEAR 或 CLIP 测序数据展示了它们的生物学功能。 总之，tsRFun 为研究 tsRNA 在癌症中的功能和作用提供了有效的数据资源和分析工具。http://rna.sysu.edu.cn/tsRFun/

l    Search

tsRFun 支持多种方式在搜索页面中搜索特定的 tsRNA：

       1) 输入序列；

2) 输入tsRNA id；

3) 输入tRNA名称或按氨基酸、tRNA密码子、tsRNA类型选择；4) 输入基因名称。

1）或2）的搜索结果为包括二级结构、表达模式在内的tsRNA的详细信息：

l    tsRinCancer

“tsRinCancer”评估 32 种癌症中的 tsRNA 表达模式，将所有样本的平均 RPM 值可视化为箱线图和条形图，并将肿瘤表达相对于正常表达的 log2 倍变化可视化为热图。

l    tsRSurvival

tsRSurvival 通过 Kaplan-Meier 方法和对数秩检验计算 tsRNAs 在不同癌症类型中的预后：

l    tsRNetwork

通过超几何测试在tsRNA、microRNA和mRNA之间构建ceRNA网络：

l    tsRTools

tsRFun 提供两个实时在线工具tsRFinder 和 tsRTarget，供用户上传自己的序列数据来识别 tsRNA 并预测 tsRNA-target 相互作用。用户需要提交符合要求的数据：fasta 格式

l    tsRFinder

“tsRFinder”提供了一种从smallRNA-seq 数据中识别 tsRNA 分子的综合方法：

上传fasta格式的序列信息，选择“Advanced Options”。

              i.          Number of Allowed mismatch：允许的错配数，允许将smallRNA 读数映射到 tRNA 的最大错配数。 默认为 0，范围为 0 - 2。

            ii.          Indel：插入缺失，是指核苷酸的插入或缺失。此参数设置允许将small RNA 读数映射到 tRNA 序列的最大核苷酸插入或删除数。

           iii.          Shortest tsRNA Length (nt)：最短 tsRNA 长度 (nt)，通常 tRF 的大小为 18 nt，而 tiRNA 的大小为 35 nt。默认为 16，范围为 16 - 40。

           iv.          Largest tsRNA Length (nt)：最大 tsRNA 长度 (nt)”，允许被视为 tsRNA 候选的 tsRNA 的最大长度。 默认为 40，范围为 28 - 40。

            v.          Selected P-value：选定的 P 值，默认为 0.01。 二项式检验用于评估分布在每个 tRNA 上的已测序 sRNA 缺失的显着性。 在 tRNA 上的连续位置，p 值小于 0.01 的读数被视为 tsRNA 候选。

l    tsRTarget

“tsRTarget”模块显示了基于 CLIP-Seq 和 CLASH/CLEAR 数据的潜在规范和非规范 tsRNA-mRNA 相互作用。

l    tsRFunction

“tsRFunction”整合了来自CLASH/CLEAR和CLIP数据预测的tsRNA-target相互作用网络信息，用户可以选择多种tsRNA分子进行后续的功能富集分析。

用户可以通过两种方式查询tsRNAs的功能：（1）选择特定的tsRNA和tsRNA类型； (2) 输入特定的 tsRNA 序列。