如何使用GSEA下载相关的数据

基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集（通常来自功能注释或先前实验的结果），将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。基因集合富集分析检测基因集合而不是单个基因的表达变化，因此可以包含这些细微的表达变化，预期得到更为理想的结果。

一、点击“Molecular Signatures Database”，然后点击“Search Gene Sets”，出现如下界面：

二、在“Keywords”中输入想要查询的方向，如免疫反应“IMMUNE_RESPONSE”。点击“search”,出现查询结果，这里显示免疫反应基因集合，有235个免疫反应基因：

三、点击“IMMUNE_RESPONSE”，页面跳转到详细信息，然后选择“gmt”格式下载：

四、数据下载完成之后，我们可以根据自己需要的系统版本，下载GSEA软件（下载地址: https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp），然后进一步对数据进行分析:

今天的分享就到这里啦，希望能帮到苦心科研的你，我们下次再见！